Komparativní genomická hybridizace (CGH)
CGH provádíme jako jedno z možných vyšetření ke stanovení nebalancovaných změn celého genomu v jedné hybridizační reakci. Principem metody je porovnání dvou DNA: Vyšetřované a srovnávací. Vyšetřovaná DNA je naznačena zeleně a srovnávací červeně (či naopak). DNA jsou následně hybridizovány v poměru 1:1 na metafázní preparát. Není-li nalezena v daném úseku DNA delece/amplifikace, výsledkem složení obou barev v poměru 1:1 je žluté zbarvení na chromozomálním úseku, kde tato sekvence DNA na základě komplementarity bazí hybridizuje. Delece ve vyšetřované DNA se projeví jako červený posun, amplifikace jako zelený posun na dané části chromozomu. Toto vyšetření jsme zavedli na buněčných liniích a nyní jej provádíme v indikovaných případech i na pacientských vzorcích.
A)
B)
C)
Obrázek: Vyšetření pacientského vzorku (lymfom) metodou komparativní genomové hybridizace (CGH). Vyšetřovaná (female) DNA byla naznačena zeleně (Spectrum Green), srovnávací (male) DNA červeně (Spectrum Red). A) Vzorek (mitóza) po provedení CGH; B) karyotypovaný vzorek (mitóza); C) výsledné schéma, softwarově složené z několika nasnímaných mitóz. U pacienta byly nalezeny tyto aberace: Rev ish dim (5q33.2qter, 9p12pter), Rev ish enh (7p14.1pter, 14q11.2qter). Centromerické oblasti a heterogenní úseky nejsou dle všeobecných pravidel pro CGH zahrnovány do hodnocení.