Detekce methylace pomocí bisulfitační reakce a PCR
U zdravé buňky se methylace cytosinů v CpG ostrůvcích v promotorových oblastech genů podílí například na zdravém vývinu embrya, lyonizaci, imprintingu nebo inaktivaci retrotranspozonů. U nádorové buňky jsou tyto mechanismy alterovány: CpG ostrůvky tumorsupresorových buněk jsou hypermethylovány, zatímco celkově je genom hypomethylován.
Tumorsupresor MGMT, 0-6-methylguanin-DNA-methyltransferasa je reparační enzym, který odstraňuje methylovou skupinu na pozici O6 guaninu přenosem na svůj vnitřní cystein. Methylace O6 guaninu je rekombinogenní a cytotoxická a způsobuje při následné replikaci záměnu (methyl)guaninu za adenin. Ztráta exprese MGMT vede k akumulaci mutací G na A (negativní prognostický faktor), ale zároveň také ke zvýšení citlivosti nádoru k alkylujícím léčivům jako je temozolomid=Temodal (pozitivní prediktivní faktor).
Působením bisulfitu se nemethylovaný cytozin deaminuje na uracil, zatímco methylovaný cytozin je proti deaminaci chráněn. Změna cytozinu na uracil je detekovatelná pomocí PCR.